直营店的成本是这样的，总部跟分部的成本金额之和等于入库金额。（在未发送成本变更等情况下），如果你总部给分部做配送，配送价比成本价高的话，总部的成本价会相应的减少，而分部的成本价就是总部给的配送价。例如：总部入库一包米，进价100块，入库5包。此时其成本单价为100，成本金额为500。然后你又做了配送给直营店A，2包，其配送价格为120。此时分部A的成本单价为120，成本金额为240。总部的成本单价为（500-2*120）/3=86.7,库存金额为500-2*120=260。 这个的商品的毛利在商品销售日结后得到体现。查询此商品的毛利的话，可以选择“未指定”（全部）机构进行查询。且直营店不会有相关的结算单据进行结算，因为其库存金额都是均摊的。

加盟店的配送不会影响总部的成本，配送会生成相关的加盟店结算单据，且有相关的加盟店配送毛利生成。如上例：总部的成本价依然为100，其库存金额为300。加盟店B的成本单价为120，成本金额为240。